Zgodnie z art. 2 rozporządzenia (WE) Komisji 136/2004, przed fizycznym przybyciem przesyłki na terytorium UE, osoba odpowiedzialna za przesyłkę powiadamia o przybyciu produktów personel weterynaryjny w punkcie kontroli granicznej, któremu produkty zostaną przekazane. Powiadamianie odbywa się przy użyciu wspólnotowego świadectwa dla wwozu i przewozu (CVED), określonego w załączniku III ww. rozporządzenia. Weterynaryjna kontrola graniczna odbywa się w pierwszym punkcie wejścia na teren UE.
Weterynaryjną kontrolę graniczną przesyłek przywożonych na teren UE przeprowadza graniczny lekarz weterynarii, który jest organem pierwszej instancji w postępowaniu administracyjnym. Organem wyższego stopnia w stosunku do granicznego lekarza weterynarii jest Główny Lekarz Weterynarii. W praktyce oznacza to, iż Główny Lekarz Weterynarii nie wydaje opinii w sprawie, jeśli postępowanie administracyjne nie zostało zakończone na poziomie organu pierwszej instancji.